Au sein d’un centre aussi complexe et en vue d’atteindre la vision d’un centre d’excellence dans le domaine, établir un laboratoire d’analyse se révèle être d’une importance primordiale. A l’heure actuelle, le centre est équipé de chromatographies liquides de haute performance (CLHP), de chromatographie en phase gazeuse (GC), de Spectrophotomètre, de laboratoires microbiologiques et chimiques. La CLHP qui est nécessaire pour le test d’aflatoxine qui est essentiel pour le fonctionnement du centre a été obtenu avec l’appui de la GTZ.

Le Centre envisage de créer des laboratoires d’analyses alimentaires indépendants et autonomes afin de fournir des services externes destinés à d’autres industries alimentaires qui ont des difficultés à tester eux-mêmes la manque de tels paramètres que l’aflatoxine, les résidus de pesticides, et des métaux lourdes etc.
Afin de réaliser ce projet, le Centre a obtenu de la région administrative, 3450m2 de terrain situé près du Centre et les préparations pour commencer la construction sont en cours. Un générateur et un matériel de forage qui serviront à construire le laboratoire sont déjà en place. Une fois finalisé, ce laboratoire, en plus de servir de lieux de recherche aux étudiants des institutions des études supérieurs, devrait renforcer le partenariat entre les universités et le centre grâce aux programmes de stages qui se dérouleront au sein du centre. Afin d’atteindre pleinement la norme internationale et l’acceptation des laboratoires internationaux, le laboratoire sera accrédité par un des organismes d’accréditation international, sur la base des paramètres fondamentaux, essentiels.